《安徽医科大学学报》（月刊）创刊于1955年，是以反映本校教学、科研、医疗成果和进展的医学学术性期刊，目前主要刊登本校学位论文。主编是中华医学会皮肤性病学会主任委员张学军教授。

《安徽医科大学学报》获奖情况：1989年获安徽省自然科学技术期刊编辑协会及华东高校自然科学学报编协安徽分会“全省高等学校自然科学学报优秀编辑质量一等奖”，国家新闻出版署期刊司、国家教育委员会科学技术司“全国高等学校自然科学学报优秀编辑质量二等奖”；1990年获安徽省新闻出版局、安徽省科学技术委员会“安徽省优秀期刊”称号；1995年获安徽省教育委员会“安徽省优秀自然科学学报二等奖”；1998年获安徽省科学技术委员会“安徽省优秀科技期刊一等奖”；1999年获安徽省教育委员会“安徽省高等院校优秀学报一等奖”，国家教育部“全国优秀高等学校自然科学学报及教育部优秀科技期刊三等奖”；2002年获安徽省科学技术厅“安徽省优秀科技期刊二等奖”；2004年安徽省教育厅和省新闻出版局优秀期刊一等奖，国家教育部科技司优秀期刊二等奖；2005年获安徽省优秀期刊二等奖。

《安徽医科大学学报》国内外数据库收录情况:该刊被美国《化学文摘》（CA）收录、利用，化学文摘服务社给予CODEN码为AIHPD5。为中国科技论文统计源期刊即中国科技核心期刊，被中国医学文摘（基础医学、外科学、内科学、儿科学、皮肤科学、肿瘤学、放射诊断、眼科学、耳鼻咽喉科学、口腔医学、检验与临床、护理学、中医、老年学等）、中国药学文摘（CPA）、中国生物学文摘、中文科技资料目录、CSTA、CD-CMCC、AbstractsofChineseMedicine、中国学术期刊光盘版、中文科技期刊数据库、万方数据库、中国生物医学光盘数据库等20多种国内外检索期刊和数据收录。